Tuy nhiên, khi chính sự đã ổn định, tổng thống Diệm đã dần trở mặt với các thỏa hiệp ban đầu với những người đã ủng hộ ông và giúp ông giữ được ngôi vị tổng thống. Để đảm bảo vị thế quyền lực của mình, Diệm chủ trương kềm chế các phe phái chính trị đối lập cũng như ảnh hưởng từ phía nước ngoài như Mỹ, Pháp. Các tướng lĩnh như Dương Văn Minh, Trần Văn Đôn, Mai Hữu Xuân..., các chính khách như Trần Văn Hương, Nguyễn Ngọc Thơ, Phan Khắc Sửu..., kể cả nhiều đảng viên cao cấp của đảng Cần Lao như Trần Chánh Thành, Võ Văn Trưng..., lần lượt đều bị xa lánh và tước bỏ ảnh hưởng. Trong nền Đệ nhất Cộng hòa, ngoài tổng thống Diệm, quyền hành bị tập trung vào trong tay một số người thân trong gia đình ông như Ngô Đình Nhu, Trần Lệ Xuân, Ngô Đình Cẩn, Ngô Đình Thục; và một số ít người thân tín như Trần Kim Tuyến, Lê Quang Tung và đảng Cần lao.

Việc quyền hành nhà nước bị chi phối quá nhiều trong tay những người trong gia đình tổng thống Diệm, cộng với sự lộng quyền của một số đảng viên Cần lao và chính sách đàn áp của Chính phủ gây bất mãn trong quần chúng. Ngay chính trong những người đồng chí thuở ban đầu của Diệm cũng cảm thấy bị phản bội và chuyển dần sang thế đối lập với người mà họ đã ủng hộ. Họ liên tục công kích chính sách độc tài chính trị của tổng thống.

Mặt khác, khi những người Cộng sản miền Nam, với sự cho phép của Nghị quyết 15 của Trung ương Đảng Lao động Việt Nam, dần xây dựng cơ sở và chuyển hướng đấu tranh từ đơn thuần đấu tranh chính trị sang kết hợp với đấu tranh vũ trang từ cuối năm 1959, sự ổn định của chính phủ Diệm đã trở nên bị lung lay, nhất là khi nổ ra Phong trào Đồng khởi tại Bến Tre và Trận tập kích Tua Hai tại Tây Ninh cuối tháng 1 năm 1960. Trước hàng loạt thất bại về quân sự và chính trị của tổng thống Diệm, các nhóm đối lập ngày càng kích động quần chúng phản đối chính phủ Diệm. Họ buộc tội chính phủ Ngô Đình Diệm thực chất là một chính phủ độc tài và gia đình trị, bất lực trong việc ổn định xã hội và chống Cộng thiếu hiệu quả.